一、中医临床有效但用实验方法证明无效，只能说明实验有问题
近百年来，对中医的争论，一直都没有停止过，问题也一直没有解决。最开始提出问题的是梁启超，他的问题是：“中医尽能愈病，总无人能以其愈病之理由喻人。”最近那些主张要废医验药或废止中医的人只学了一点西医的皮毛，学识和经验两不足取。几十年来我们用西药的疗效标准来检验中药能不能除去病因、能不能消除病灶、能不能消炎、能不能降血压等等，全国各大中医院校、中医院等做了大量实验，结果多数是“阴性结果”，也就是无效的，即使少数有效的也不及西药。那么问题来了，你实验无效但临床有效，这说明实验有问题。
医学不等于药学，保持健康也不是老得吃药。但是半个世纪以来，这个观念一直没有改变。中医不认识病因，药理学实验认为中药无效，但它却能治好病，说明你药理学有问题。例如SARS来了，西医还没有搞清楚它是什么病毒，到底是支原体、衣原体，还是其他病毒，中医已经有了对抗的方法。还有，过去中医治疗天花、麻疹、乙脑、流行性出血热、肝炎等病毒感染性疾病，都没有用所谓的抗病毒药物，但都治好了。这个就是诊疗思想的问题。因此，这个讲究病因、病理、病位的医学不可能就是终极真理，对于这个问题我们可以商讨，但不要对骂，“金刚怒目不及菩萨低眉”嘛！
二、中西医根本不同点在于诊疗思想的不同
西医诊断就是努力找到病因、病理、病位，治疗就是除恶务尽，消除病因，纠正病理，清除病灶，他们认为是科学的，但是效果还是不理想，而且形成了当代的世界性的医疗危机。
第一，病因。例如，治疗糖尿病有胰岛素，高血压也有很多抗高血压的药物，但是到现在为止，糖尿病、高血压还是一个世界性的难题，即使血压下来了，但是心梗、脑梗的患者多了，说明它还没有从根本上解决这个问题。实际上高血压、糖尿病只是一个现象。第二，病位。解剖定位是不是就定在那一个地方，也值得考虑。比如说肝炎，肝炎就在肝吗？肝炎有胃里的毛病，有肠道的，有胰腺的，还有肌肉的。第三，病理反应。炎症是不是都是坏事，抗炎是不是都对，发烧及白细胞升高是不是都是“敌人”？实际上机体的很多反应都是抗病的反应。医学今后发生质的转变就是把病因、病理、病位的诊断改变成抗病反应的自我调节问题上，也就是人体的防卫功能、抗病机制的调节上。
这个问题是怎么警觉的呢？在上世纪六十年代，有个女科学家卡逊写了一本书《寂静的春天》揭示农药化肥的滥用所带来的生态破坏，引发了对环境保护的重视。医学界从农药化学的教训中得到启示：抗生素犹如农药，激素犹如化肥，外源性的替代和补充，对生命健康有不利影响。1970年人们鉴于医药源性疾病的教训，提出“从哪里去寻找健康的钥匙”的问题。拜因豪尔等认为：医学的发展要有质的飞跃，在诊疗思想上，不能专注于疾病的病因、病机、病位，应转到机体的防卫抗病反应及其调节机制上来。1993年我在美国讲学，他们给我出了一个题目叫做“人的自我痊愈能力”，这个命题就很有道理，愈病之理不光是病因、病理、病位，还包括人的自我痊愈能力。例如，伤口拉开又缝合上了，这就是人的自我痊愈能力。1993年十四个国家提出医学的目的再审查，反思当今世界性的医疗问题，指出现在高科技的医疗对人类健康的作用只占8％。当代世界性的医疗危机，其根源就来自近代医学模式的主要针对疾病的技术，统治医学的长期结果。在这以前，他们是把认识疾病作为科学，中医你不认识疾病就不科学。医学自身实践本应是“治向何去”的问题，但却被转换成为疾病对象认识的“病从何来”的问题，这就是现代医学的最大误区，这就是百年来把中医骂得一塌糊涂的原因。
所以这百年来争论的问题是诊疗思想的问题，他们要废也是废诊疗思想。现在谈论半天，不
触及这根本的问题怎么行？中医的诊疗思想中，如推拿、针灸、刮痧、点穴等没有药物进去，是怎么治病的呢？扎针可以治疟疾，针灸可以杀疟原虫吗？这只是现象问题，其本质还在诊疗思想上。就是它要发现什么，如何去发现？它要实现什么，如何去实现？早在《汉书·艺文志》中把中医药本质功能归纳为：“方技者，皆生生之具。”指导中医诊疗思想的理论基础是“天地之大德曰生”的宇宙演化论哲学，不单是唯物质的世界观。因此我们要讨论“生生之具”，用现在的话说就是为着人类生命的生存健康发展进化服务的方法、技术和工具。中医的诊疗思想就是要发现生命体自身的自组织演化调节的功能、目标、动力等等，而不单是对疾病本质的结构原因进行的治疗，在病中积极发现机体自身的防卫、抗病和它的控制能力，不光是被动地消除病因、病机、病位。
西医和中医的主要区别在于：一、中医不是疾病医学，而是健康医学；二，中医不是物质科学，而是生命科学。第三，中医不是认识论上的知识论，而是实践论。中医的思想是“养生保健治病必求于本”，是人本主义的实践观念，是“治向何处”的问题。问题的回答是“治”到哪里去？走什么路？依靠什么？1908年诺贝尔医学奖获得者、德国医学家、免疫学家欧立希所做的实验表明，用锥虫红治疗锥虫病，在实验室需要全计量，但在感染锥虫病的动物身上只需实验剂量的1/6即可治愈。其余的5/6的差额从哪里来呢？这是医学的重大命题，只能推断说是生物体的自身功能，我们医学的任务就要重点调动这生物体的5/6，而不仅仅是在这1/6上做文章。西医的物质科学的对象思维认识论，把对象定位在“病”上，问题意识是“病从何来”。要回答的是：病在何处？什么性质？什么原因？把疾病分离出病因、病理、病位，这是建立在物质科学的基础上的，扭曲了医学与科学的关系。
三、医学不必拜倒在科学脚下
医学发展到现在，它本身就有着很多不健康的成分，现在中医和西医的吵架，就是医学不健康的一种表现。我们首先回答医学是干什么的？医学是为人类的健康和生态的目标服务的。科学是一种理论假说，假说经历实践检验，就成为科学，医学是一种实践。近现代西方科学是物质科学，是我们身外之物的物质构成的科学。近代几百年来是医学从属于科学。其实科学应该为医学服务，它必须站在为全人类更好地生存和发展的高度去思考问题。现代医学力求客观化、科学化，而“医学的科学化”却是一个误区，“科学的医学化”才是正道，而我们的危机就在于医学拜倒在科学的脚下。